Depuis sa fondation, l'Université a créé un certains nombre d'instituts, parmi lesquels, notamment L'Institut-Heinz Nixdorf (Center for computer science and technology). le Centre de Paderborn pour Parallel Computing (PC2) et l'Institut pour Kulturwissenschaften.Et l’Université a de nombreux partenariats avec les sociétés les plus importantes d’Allemagne et surtout Siemens Nixdorf dont le siège se trouve à Paderborn.